Northug ble nummer fire i sitt kvartfinaleheat og lå lenge inne på lucky loser-listen, men tiden holdt ikke til semifinale.
Fredrik Riseth var best i Northugs kvartfinale med tiden 3.32. Northug klokket inn 3,6 sekunder bak, men måtte se at en plass i semifinalen forsvant til tross for en god avslutning på kvartfinalen.
– Vi hadde håpet på et par heat til, sa Northug-trener Stig Rune Kveen til VG.
Uten å anstrenge seg for mye hadde Northug blitt nummer 20 i sprintprologen. 9,90 sekunder skilte opp til prologvinner Riseth.
Northug ønsket ikke å uttale seg til Skiforbundets egen TV-sending etter kvartfinaleexiten på Gålå.
– Det er litt som forventet. Han er litt seig i frasparkene. Men det er bare å jobbe videre for det som skal skje fremover, sa Kveen til NRK.
Petter Northug fikk ikke delta i verdenscuprennene i Ruka i helgen. I stedet tester medaljegrossisten formen på Gålå.
Vrakingen av Northug har skapt storm i Norge den siste uken.
Neste helg skal Northug derimot få muligheten i verdenscupen. 31-åringen får en plass på hjemmebane i Lillehammer.