Dersom selskapet bestemmer seg for å gå over til Norsk Internasjonalt Skipsregister (NIS), vil noen hundre norske arbeidsplasser kunne bli erstattet av utenlandske arbeidstakere. Ifølge Dagens Næringsliv bekrefter flere kilder at Color Line aktivt vurderer å flagge ut av Norge.
Sjøfolkene vil da gå på internasjonale tariffer, og selskapet kan spare store summer. Dersom Color Line følger Fjord Lines eksempel, og overførte skipene til dansk regime, vil de kunne forbedre resultatet med 150-160 millioner kroner.
I dag er ferjerederiet Color Line det eneste som driver vanlig rutetrafikk mellom norske og utenlandske havner under norsk flagg og med norsk besetning.
Selskapet har seks bil-, passasjer- og cruisefartøy som er registrert i Nor, det norske registeret. Color Line har flest ansatte blant Norsk sjømannsforbunds medlemmer i dag.