I den siste stigningen med fem kilometer igjen av etappen satte Pogacar opp farten og kvittet seg raskt med konkurrentene.

Dermed fulgte han opp den imponerende soloseieren i endagsrittet Clasica Jaén Paraiso mandag. Der stakk 24-åringen fra med 42 kilometer igjen til mål.

De to spanske hjemmehåpene Mikel Landa og Carlos Rodriguez tok henholdsvis 2.- og 3.-plassen på onsdagens etappe. Duoen trillet i mål 38 sekunder bak Pogacar.

Etappen var på 179 kilometer fra Puente de Génave til Santiago de la Espada.

Rittets eneste nordmann Edvald Boasson Hagen kom inn til 68.-plass. Han ble nummer to i spurten i en gruppe på vel 20 ryttere som kom i mål 12.41 minutter etter Pogacar.

Det gjenstår fire etapper av rittet, som avsluttes søndag.