Mannen ble pågrepet tidlig fredag morgen lokal tid da han var på tur i nærheten av hjemmet sitt.
– Han beordret drapet på Tupac Shakur, sier statsadvokat Marc DiGiacomo om den siktede mannen til AP.
Distriktsdommer Jerry Wiese har nektet løslatelse mot kausjon.
Rapperen ble skutt 7. september 1996 av noen som satt i en forbipasserende bil, og døde seks dager senere på sykehus.
Mannen som nå er siktet i saken har selv innrømmet i intervjuer og i sin egen selvbiografi «Compton Street Legend» fra 2019 at han var i bilen skuddene ble avfyrt fra.
Ransaket konas hus
Pågripelsen skjer over to måneder etter at politiet ransaket et hus utenfor Las Vegas i forbindelse med drapet på rapperen. Huset skal ifølge politidokumenter ha tilhørt den pågrepne mannens kone.
Politiet skal blant annet ha hentet flere datamaskiner, en mobiltelefon og en harddisk fra huset, i tillegg til en kopi av magasinet Vibe som inneholdt et intervju med Tupac, flere 40-kaliber kuler, to bokser med fotografier og en kopi av den siktedes selvbiografi.
Inngikk avtale med myndighetene
I boken skrev mannen at han brøt sin taushet rundt drapet på Tupac i 2010 under et lukket avhør med føderale og lokale myndigheter. Mannen var den gang 46 år gammel og risikerte livsvarig fengsel for narkotikalovbrudd da han gikk med på å snakke med myndighetene.
– Det lovet at de ville rive opp tiltalen og stanse storjuryen hvis jeg hjalp dem, skriver mannen i selvbiografien.
Han har beskrevet seg selv som et av de siste levende vitnene til den dødelige skytingen.
Hiphop-krigen
Tupac var en av hiphopens største artister på 90-tallet, med et plateslag på mer enn 75 millioner på verdensbasis.
I den siste delen av karrieren ble Tupac involvert i hiphop-krigen mellom den amerikanske vest- og østkysten, hvor han var blant annet var i konflikt med rap-rival Biggie Smalls, også kjent som The Notorious B.I.G.
Biggie Smalls ble også drept i en drive-by-skyting rundt seks måneder etter at Tupac døde, et uoppklart drap som har blitt hevdet å være et hevnangrep.
Da Tupac døde var hans fjerde soloalbum «All Eyez on Me» på topplistene, med rundt 5 millioner solgte eksemplarer. Rapperen, også kjent som 2Pac, ble nominert til seks Grammy-priser i løpet av sin karriere, og regnes fortsatt som en av de mest innflytelsesrike og allsidige rapperne gjennom tidene.